Das Trio besteht aus den drei Mächten Magie, Psy, und Force und schlummert in den Tiefen der Erde. Um seine Kraft zu bändigen, hat man einen Untergrund-Tempel gebaut. Zu dieser Halle, wo die Kräfte sind, hat man ein riesiges Labyrint gebaut, damit man sie nicht rauben kann und eine Menge Monster und Wächter dorthin geschickt, die alles und jeden vernichten, dorthin zukommen.

Vor ein paar Jahren rettete Shadow Sonic vor einer wahnsinnigen Maschine. Damit hat er einen fatalen Fehler gemacht: Er weckte die bösen Kräfte des Trios. Nun strömen starke, bösartige Monster auf die Erde und wollen die Erdoberfläche 'säubern'. Die Greedo Team Agents versuchen, die Monster zu besiegen. Agent Sonic dagegen sucht auf einer Dschungel-Insel nach Antworten. Plötzlich trifft er die zwielichtige Figur Terra, der ihm einiges über das Trio erzählt. Er scheint mehr über das Trio zu wissen, als er zugibt. Agent Spike wird beauftragt, Terra zum Untergrundtempel des Trios zu folgen, damit die beiden es aufhalten können. Werden sie es schaffen? Findet es selbst raus!.